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  El núcleo del III par se encuentra en la línea media del mesencéfalo dorsal, a la altura del colículo superior, ventral al acueducto de Silvio (separado por la sustancia gris periacueductal) y dorsal a los fascículos longitudinales mediales. Se divide en varios subnúcleos, distinguiendo dos partes:

- Columna no pareada: compartida por los núcleos del lado derecho e izquierdo, incluye el núcleo visceral de Edinger-Westphal (dorsal) y el subnúcleo del elevador del párpado (caudal).

Como en los síndromes anteriormente descritos la lesión localiza en la base de la protuberancia, en la unión del tercio superior con el medio o bien en región talamocapsular contralateral, núcleo rojo contralateral, brazo posterior cápsula interna, en infartos de la arteria cerebral anterior superficial en el área paracentral.

Clínica:

- Hemiparesia crural.

- Hemiataxia ipsilateral (unilateral por el respeto de los haces pontinocerebelosos contralaterales).

- Disartria

- Nistagmus

- Parestesias.

Descrito por Caplan en 1980, se caracteriza por la oclusión del tercio superior de la arteria basilar o sus ramas (arterias cerebelosa superior, cerebral posterior, comunicante posterior, mesencefálica y ramas paramedianas) dando lugar a isquemia del mesencéfalo, tálamo y región de los lóbulos temporales y occipitales irrigada por ramas de la arteria basilar.

Signos del síndrome del top de la basilar

Consiste en el registro de los movimientos de la mano del paciente durante las horas de sueño, por periodos prolongados. El equipo incluye un sensor de movimiento, (acelerómetro), colocado en la muñeca del paciente que transmite los datos a un PC para analizarlos. El procesamiento de la información permite detectar patrones de sueño-vigilia, lo cual puede ser útil en el estudio de ciertas patologías tales como apneas nocturnas, insomnio, hipersomnias, movimientos periódicos durante el sueño o efectos secundarios de fármacos sobre el sueño.