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Debido a las limitaciones de la manometría gastrointestinal, en los últimos años se están desarrollando técnicas, aun en fase experimental, para la evaluación del sistema nervioso autónomo en el aparato digestivo, denominadas de tipo mecanístico. Estas pruebas consisten en la aplicación de un estímulo estandarizado en el tubo digestivo para evaluar la función aferente y las respuestas reflejas viscerales. En el futuro serán la forma idónea de evaluación de los sistemas de regulación de la función digestiva.

La disfunción autonómica del esófago puede manifestarse en forma de disfagia o pirosis, pero habitualmente cursa de forma asintomática. La disfagia se debe a la alteración de la motilidad del esófago. La disfagia es inusual en el fallo autonómico puro. A veces se presenta en las fases finales de la atrofia multisistémica.

 Los núcleos de los nervios oculomotores se encuentran en el tronco del encéfalo (III, oculomotor en el mesencéfalo; IV, troclear en la unión mesencéfalo-puente; VI, abducens en la parte baja del puente). Todos son pares y situados en el tegmento dorsal. IV: oblicuo superior contralateral, VI recto lateral, III: resto de músculos orbitarios, elevador del párpado (bilateral), músculo tarsal de Müller (PSP), músulo ciliar (PSP) y esfínter de la pupila (PSP).

Es originado por la lesión de la protuberancia ventromedial. También se denomina "hemiplejia del abducens alternante". Se lesiona:

- Núcleo del VI par que origina paresia del recto lateral con diplopia horizontal cuando el paciente mira hacia el lado de la lesión.

- Vía piramidal que produce hemiplejia contralateral con respeto de la cara.