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La infección del tracto urinario es la que más frecuentemente produce cuadros de delirium. Le siguen en frecuencia la neumonía y la septicemia. Se produce una respuesta inmunológica que da lugar a la activación de la microglía, la cual por medio de sustancias citotóxicas produce la degeneración de las neuronas colinérgicas.  Las encefalitis y meningoencefalitis] producen también delirium sobre todo cuando están causadas por el virus herpes simple, el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH), la enfermedad de Lyme o la neurosífilis.